在綠色食品農藥使用準則中對綠色食品農作物生長過程中用于防治病害和蟲、草、鼠等有害生物時如何使用農藥有詳細的規定。對于生產AA級綠色食品，農藥使用原則有：

　　⑴中等毒性以下植物源殺蟲劑、殺菌劑、拒避劑和增效劑，如除蟲菊素、魚藤根、煙草水等；

　　⑵釋放寄生性捕食性天敵動物，昆蟲、昆蟲病原線蟲等；

　　⑶在害蟲捕捉器中允許使用昆蟲信息素及植物源引誘劑；

　　⑷允許使用礦物油和植物油制劑；

　　⑸允許使用礦物源農藥中的硫制劑、銅制劑；

　　⑹允許有限度地使用活體微生物農藥，如真菌制劑、病毒制劑、昆蟲病原線蟲等；

　　⑺允許有限度地使用農用抗生素，如春雷霉素、井崗霉素等；⑻禁止使用有機合成的化學殺蟲劑、殺螨劑、殺菌劑、殺線蟲劑、除草劑和植物生長調節劑；

　　⑼禁止使用生物源、礦物源農藥中混配有機合成農藥的各種制劑；

　　⑽嚴禁使用基因工程品種（產品）及制劑。

　　對于生產A級綠色食品，農藥使用原則是：

　　⑴中等毒性以下植物源農藥、動物源農藥和微生物源農藥；

　　⑵在礦物源農藥中允許使用硫制劑、銅制劑；

　　⑶可以有限度地使用部分低毒農藥和中等毒性有機合成農藥；

　　⑷嚴禁使用劇毒、高毒、高殘留或具有三致毒性（致癌、致畸、致突變）的農藥；

　　⑸每種有機合成農藥在一種作物的生長期內只允許使用一次；

　　⑹應按照國家標準的要求控制施藥量與安全間隔期；

　　⑺有機合成農藥在農產品中的最終殘留應符合國家標準有關規定；

　　⑻嚴禁使用高毒高殘留農藥防治貯藏期病蟲害；⑼嚴禁使用基因工程品種（產品）及制劑。