四、第一階段——農藥先導化合物的合成

    第一階段又分為新化合物設計、大量化合物合成、室內生物活性篩選、發現和優化先導化合物、得到活性化合物幾個步驟。

    在新化合物設計時，主要涉及到計算科學、生命科學，需要根據經驗或者隨機或者仿制，來完成該項工作。

    設計好新化合物之后，要進行大量化合物的合成并完成室內生物活性篩選研究，也就是進行普篩、初篩、復篩、高通量篩選以及定向篩選等工作。篩選的結果會淘汰掉大部分化合物，之后會有部分化合物作為先導化合物留下來。

    繼先導化合物發現之后需要進行先導化合物的優化，將先導化合物進行結構改造或者衍生花，再進行第二輪的室內生物活性篩選研究，結果也是淘汰大部分化合物而得到部分有活性的化合物。

    在第一階段工作進行過程中，需要隨時注意化合物或菌種的專利保護工作。